排污许可证核发权限确定的基本原则是“属地监管”以及“谁核发、谁监管”。根据《方案》，核发权限在县级以上地方环保部门。具体来看，随着省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度改革试点工作的开展，地市级环保部门将承担更多的核发工作。对于地方性法规有具体要求的，按其规定执行。如宁夏回族自治区已通过《宁夏回族自治区污染物排放管理条例》，该条例明确“对于总装机容量超过30万千瓦以上的燃煤电厂及石油化工”等重点排污单位，其排污许可证的核发权限为自治区环境保护主管部门。环保部将尽快制定相关文件，进一步明确排污许可证的核发权限。

此外，《方案》中还明确上级环保部门可依法撤销下级环保部门核发的排污许可证。《行政许可法》中可以撤销不当行政许可的各种情形，也同样适用于排污许可证的核发。